- ยุทธศาสตร์ที่ 1 ยกระดับคุณภาพมาตรฐานการผลิตบัณฑิตนักปฏิบัติการอย่างมืออาชีพ ที่มีคุณธรรม จริยธรรม
- ยุทธศาสตร์ที่ 2 ปฏิรูปการผลิตและพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษาชายแดนใต้
- ยุทธศาสตร์ที่ 3 การพัฒนาท้องถิ่น (ยุทธศาสตร์ด้านการวิจัยและการบริการวิชาการ)
- ยุทธศาสตร์ที่ 4 ปฏิรูประบบบริหารจัดการมหาวิทยาลัยให้มีคุณภาพ ได้มาตรฐาน ทันต่อการเปลี่ยนแปลง เน้นการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สำหรับหน่วยงานหลักในการขับเคลื่อน ยุทธศาสตร์ที่ 4 ปฏิรูประบบบริหารจัดการมหาวิทยาลัยให้มีคุณภาพ ได้มาตรฐาน ทันต่อการเปลี่ยนแปลง เน้นการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ได้แก่ สำนักงานอธิการบดี หน่วยงานสนับสนุน และบุคลากรสายสนับสนุน (วิชาชีพ) เป็นกำลังสำคัญ โดยเฉพาะสำนักงานอธิการบดี (http://president.yru.ac.th) และหน่วยงานภายใน รวมทั้งผู้บริหารและบุคลากร จำเป็นเร่งด่วนที่จะต้องปฏิรูปและปรับปรุงกระบวนการทำงาน พัฒนาตนเองเพื่อให้สามารถขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ที่ 4 ให้บรรลุเป้าประสงค์ ตัวชี้วัด และค่าเป้าหมาย รวมทั้งหมด 10 ตัวชี้วัด
สำหรับในปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 ที่ต้องการให้บรรลุผลและอยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานอธิการบดีเป็นหลัก และควรเป็นต้นแบบให้แก่หน่วยงานภายในอื่นๆ ตัวชี้วัดที่สำคัญ ได้แก่